La serie es de las que más critican a las multinacionales y gobiernos por no preocuparse del medio ambiente y de la destrucción de la naturaleza. Además se preocupa mucho de temas como la contaminación y el cambio climático. En la familia Simpson, nadie se preocupa por el medio ambiente, excepto Lisa, que es ecologista y vegetariana. En el episodio Lisa la ecologista, ella, enamorada de un ecologista, se va a vivir a la cima de una secuoya para evitar que la talen. Pero una vez, al ver unos zapatos en un escaparate, dice: "Están hechos de animales, pero bueno...", lo que demostraría que a veces no le importa la naturaleza.

En el capítulo El viejo y Lisa, Montgomery Burns pierde toda su fortuna y Lisa le ayuda a recuperarla reciclando y reutilizando la basura.

Por otra parte, y de manera irónica, en el episodio El cometa de Bart la contaminación es la responsable de que la ciudad de Springfield sea salvada del impacto de un cometa descubierto por Bart, ya que, el cometa, al entrar en la atmósfera contaminada de la ciudad es desintegrado por ésta. Pero en otro capítulo, Residuos titánicos, la ciudad tiene que ser trasladada a kilómetros de distancia debido a la cantidad de basura que hay acumulada en ésta.

Otro ataque a las fábricas despreocupadas es el capítuloDos coches en cada garage y tres ojos en cada pez. En él, Bart pesca un pez mutante debido a los residuos radiactivos de la central nuclear, justo antes de las elecciones municipales a las que se presenta el Sr. Burns. Este trata de justificar la atrocidad que ha causado su central haciendo creer que el pez es evolutivamente superior y que además es sabroso.

De hecho, la trama de la película de Los Simpson se desarrolla gracias al desastre ecológico que desencadenóHomero en el Lago Springfield.